Esa es una buena pregunta, y la explicación es en parte histórica. A medida que la iglesia creció y se extendió por todo el mundo, comenzó a organizarse en diferentes lugares; a pesar de que en un sentido debían ser iguales entre sí, fueron desarrollándose diferencias.
Algunas iglesias se separaron de las demás por cuestiones doctrinales. Es decir, hubo quienes pensaron que una parte de la iglesia comenzaba a enseñar herejías, cosas que no eran verdaderas. En algún momento esto provocó separación. Hubo una división importante en 1054, entre la iglesia de Oriente y Occidente, que resultó en la separación entre la Iglesia Ortodoxa Oriental y la Iglesia Católica Romana.
La Reforma del siglo 16 dio origen a las iglesias protestantes y anglicana, y el movimiento anabaptista resultó en la formación de iglesias evangélicas tales como los menonitas, los huteritas, y los bautistas. Más tarde se formaron las denominaciones, a raíz del desarrollo de las iglesias nacionales o de diferencias en las doctrinas. La iglesia ha seguido subdividiéndose siempre.
Hoy la diversidad de iglesias no responde tanto a esas divisiones sino a la variedad de expresiones espirituales. Las nuevas generaciones de creyentes buscan la unidad por encima de las denominaciones, y están derrumbando las barreras entre ellas. A pesar de algunas diferencias doctrinales, hay más acuerdos que nunca antes sobre las cuestiones fundacionales que vinculan a las iglesias entre sí como cuerpo de creyentes.